3D散布図とは？

3D散布図は、データからインタラクティブな三次元散布図を作成するツールです。回転・ズーム・パンで、2Dでは見逃しがちなパターンやクラスターを発見できます。グループ別の色分け、ポイントサイズの調整、軸ラベルの設定が可能です。

CSV を直接貼り付けるか、X・Y・Z の数値 3 列に加えて任意のグループ列を含むファイルをアップロードします。描画は Plotly なので、点数 10,000 までは回転・ズーム・パンが滑らかに動きます。組み込みの 5 種類のパレットでだいたい賄え、軸プレーンとグリッドは消せるので論文用には素直な見た目になります。

使い方

1. X・Y・Z座標の列を持つCSVデータを貼り付けるか、CSVファイルをアップロードします。色分け用のグループ列を含めることもできます。
2. 軸ラベル、ポイントサイズ、カラーパレット、背景をカスタマイズ。グリッド線や軸面の表示を切り替えて奥行きを分かりやすくします。
3. ドラッグでプロットを回転、スクロールでズームし、PNG画像としてエクスポートするか、インタラクティブHTMLファイルをダウンロードして共有できます。

使用するタイミング

• 2 変数の散布図ではどうやっても見えない、3 変数データの中のクラスタを発見する。
• センサーログ（緯度・経度・標高）や時系列のモーションキャプチャを 3D で表示する。
• 研究結果のスライドに、静止画ではなくインタラクティブな HTML を貼り込んで発表する。

結果

生物学者が遺伝子発現データ200行（遺伝子A・B・Cの値）を組織タイプでグループ化して貼り付けたところ、2D投影では見えなかった2つの明確なクラスターが3Dプロットで浮かび上がりました。

よくある質問

何点くらいから動作が重くなる？

最近のノート PC では約 10,000 点までならスムーズに描画できます。それを超えると回転時にフレーム落ちを感じます。データ量がもっと多い場合は事前に集約またはサンプリングし、代表点を数千点に絞っても伝わる情報はほぼ同じです。

CSV パーサが期待するフォーマットは？

1 行目はカンマ区切りのヘッダー。1〜3 列目は X・Y・Z の数値として読み込みます。4 列目以降に group・category・class といった名前があれば色分け用のグループとして扱います。X・Y・Z に数値以外が混じった行は黙って読み飛ばされます。

個別の点にラベルやツールチップを付けられる？

ホバーすると元の X・Y・Z 値とグループ名（設定されていれば）が表示されます。点ごとの文字ラベルは未対応です。3D 空間ではラベル同士が激しく重なるためです。固定ラベルが必要なら HTML をエクスポートして Plotly のコードを直接編集してください。

なぜ軸の開始値がゼロでない中途半端な値になる？

グラフは各軸をデータの最小値から最大値までに自動スケールし、わずかな余白を取ります。これで変動はよく見えますが、原点が隠れます。原点固定にしたい場合は、データを正規化してから貼り付けてください。

エクスポートした HTML はダウンロード後もインタラクティブに動く？

はい。エクスポートした HTML はデータが完全にインタラクティブなまま残ります。回転・ズーム・パンができ、タイトルやスタイルも埋め込まれています。ファイルを開くときに Plotly ライブラリを CDN から読み込むので、オフラインでは動かず、インターネット接続が必要です。埋め込まれるのはあなたのデータだけなので、ファイル自体は小さいままです。

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